Bâtir aujourd'hui ne doit pas seulement répondre à une équation énergétique, technique ou programmatique. Cela requiert une éthique constructive, au service des usagers et du site. Gilles Perraudin a développé une pratique pionnière dans ce domaine. Son architecture prend en compte les lieux, les climats et les cultures. Les matériaux dont il se sert sont recyclables et puisés à proximité du chantier. Il utilise ainsi la terre, la brique, le bois et la pierre, sans s'interdire le recours au béton ou au métal.
De ses premières compositions, d'inspiration brutaliste, à ses dernières réalisations, pures et douces, en passant par des bâtiments high-tech, Gilles Perraudin multiplie les réflexions sur l'espace construit. Il combine des espaces cryptiques, proches de la grotte, et des volumes légers, aériens. Il imagine des enveloppes microclimatiques permettant de réguler température et luminosité. Il imbrique espaces servants et servis dans le prolongement de l'œuvre et de la pensée de Louis Kahn. Refusant tout formalisme, il est méticuleux, attentif au dessin des détails de la construction et à leur mise en œuvre. Dans le même temps, il refuse que la technicité excède les besoins, conformément aux leçons de Frei Otto ou d'André Ravéreau. 
En tant qu'enseignant, Gilles Perraudin revendique la primauté du projet et envisage l'histoire en partant des réalisations les plus contemporaines, pour établir des filiations jusque dans l'Antiquité. Ses maisons individuelles, logements collectifs, équipements culturels ou éducatifs, centres administratifs et chais viticoles – implantés de l'Europe du Nord à l'aire méditerranéenne – montrent l'esprit d'ouverture de cet expérimentateur, qui puise ses références dans une architecture à la fois classique, avant-gardiste et vernaculaire, sans éclectisme. Dans ses bâtiments récents se fait jour un sens nouveau de l'épure lié à l'emploi de blocs massifs de pierre. Cette dernière évolution lui a permis de revenir à l'essence de l'écriture de l'espace : proportion, rythme, matière, lumière.